Bioinformática (BQI 460)

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DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR

BQI 460 – BIOINFORMÁTICA

TRABALHO PRÁTICO I

“Banco de dados biológicos, alinhamento de sequências e filogenia”

Rafaela Cunha Matosinhos – 77400

Viçosa – MG

	-	A[pic 2]	T	G	G	C	A	A	G
-	0[pic 3][pic 4][pic 5]	-3[pic 6][pic 7]	-6[pic 8][pic 9]	-9[pic 10]	-12	-15[pic 11]	-18[pic 12][pic 13]	-21[pic 14]	-24
T	-3[pic 15][pic 16]	-1[pic 17][pic 18]	-2[pic 19][pic 20]	-5[pic 21][pic 22]	-8[pic 23]	-11	-14[pic 24][pic 25]	-17	-20[pic 26]
G	-6[pic 27]	-4[pic 28][pic 29]	-2[pic 30]	-1[pic 31][pic 32]	-4[pic 33][pic 34][pic 35][pic 36][pic 37]	-7[pic 38]	-10[pic 39]	-13[pic 40]	-16
A	-9	-5[pic 41][pic 42]	-5	-3[pic 43][pic 44][pic 45]	-2[pic 46][pic 47]	-5[pic 48][pic 49][pic 50]	-6[pic 51][pic 52]	-9[pic 53][pic 54]	-12
A	-12[pic 55][pic 56]	-8[pic 57]	-6[pic 58][pic 59][pic 60]	-6	-4[pic 61][pic 62][pic 63]	-3	-4[pic 64][pic 65][pic 66]	-5[pic 67][pic 68]	-8
C	-15	-11[pic 69][pic 70]	-9[pic 71]	-7[pic 72][pic 73]	-7[pic 74]	-3[pic 75]	-4	-5[pic 76]	-6[pic 77]
G	-18[pic 78]	-14[pic 79]	-12[pic 80]	-8[pic 81]	-6	-6[pic 82]	-4	-5[pic 83]	-4[pic 84]

1) Alinhe manualmente as sequências ATGGCAAG e TGAACG, utilizando um sistema de pontuação de +1 para match; -1 para mis-match; e -3 para gap.

→ Superior e lateral são sempre gaps

→ Diagonal pode ser match ou mis-match

→ Primeira linha de números vai ser sempre gap, com setinha para lateral, pois não há números na diagonal ou superior.

→  Primeira coluna de números vai ser sempre gap, com setinha para cima, pois não há números na diagonal ou lateral.

→ Exemplos de contas:

- A com T (segunda linha e segunda coluna de números):

Diagonal -> 0 -1 = -1

Superior -> -3 -3 = -6

Lateral -> -3 -3 = -6

- T com T (segunda linha e terceira coluna de números):

Diagonal -> -3 +1 = -2

Superior -> -6 -3 = -9

Lateral -> -1 -3 = -4

- G com T (segunda linha e quarta coluna de números):

Diagonal -> -6 -1 = -7

Superior -> -9 -3 = -12

Lateral -> -2 -3 = -5

→ Alinhamentos possíveis após a realização dos cálculos e montagem da tabela:

ATGGCAAG      ATGGCAAG        ATGGCAAG
- T - GAACG                                                - TGA - ACG                                                                -TG – AACG

Bit Score: -4                                             Bit Score: -4                                                       Bit Score: -4

(-3+1-3+1-1+1-1+1)                             (-3+1+1-1-3+1-1+1)                                        (-3+1+1-3-1+1-1+1)

→ Análise dos resultados: Como todos os Bit Scores possuem o mesmo valor, os três alinhamentos são igualmente bons.

2) Conforme a lista de proteínas em anexo indicada para cada aluno, recupere a sequência proteica ortóloga para Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae, Mus musculus e Homo sapiens, depositadas no NCBI.

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